Le Réseau est organisé selon trois niveaux qui permettent de mettre en œuvre efficacement et rapidement les actions utiles au patrimoine naturel régional.
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Co-présidée par la Direction Régionale de l’Environnement et par la Direction de l’Environnement de la Région, l’Assemblée des membres a pour rôle de dégager un consensus sur les orientations, les priorités, le programme et le calendrier d’actions du réseau.
Le Secrétariat Technique est composé de la Direction Régionale de l’Environnement, de la Direction de l’Environnement de la Région Languedoc Roussillon, et de deux membres désignés par l’Assemblée des membres après appel à candidature et pour une durée de un an renouvelable. Instance opérationnelle, il prépare les travaux de l’assemblée des membres et se réunit au moins deux fois par an.
Temporaires, ils mobilisent l’expertise de leurs membres dans le but de faciliter la définition et la mise en œuvre du programme d’actions. A ce jour, 3 groupes de travail encadrent les avancées du réseau relatives à la communication, la gestion des habitats et le rôle des espaces naturels dans le développement des territoires.